Daha önce, 3046 sayılı Bakanlıkların Kuruluş ve Misyon Asılları Hakkında Kanunda müsteşarın vazife ve sorumlulukları karara bağlanmıştı. Lakin 3046 sayılı Kanunun ismi “Bakan Yardımcılarının Mali Hakları ve Birtakım Düzenlemeler Hakkında Kanun” olarak değiştirilmiştir.
Söz konusu kararda, Müsteşarın görevleri, Bakanın buyruğunda ve onun yardımcısı olup bakanlık hizmetlerini Bakan ismine ve Bakanın buyrukları doğrultusunda, Bakanlığın maksat ve siyasetlerine, kalkınma planlarına ve yıllık programlara, mevzuat kararlarına uygun olarak düzenlemek ve yürütmek vazifesi verilmiştir. Ayrıyeten bu maksatla bakanlık teftiş konseyi hariç bakanlık kuruluşlarına gereken buyrukları vermek ve bunların uygulanmasını gözetmek formundaydı.
Genelde, ilgili kurumdan kıdemli bürokratlar ortasından, Bakanlığın iş ve süreçlerine hakim olan, bürokrasi deneyimi yüksek, atanma yolu açısından da siyasi alakaları Devletin işleyişi bakımından olumlu olarak bedellendirilen bireyler Müsteşar olarak atanmaktaydı.
Ancak, Müsteşarlık, 2/7/2018 tarihli ve 703 sayılı Kanun Kararında Kararname ile ortadan kaldırılmıştır.
1 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesinde Bakanlık Özel Kalem Müdürlerinin görevleri, Bakanın resmi ve özel yazışmalarını yürütmek, Bakanın her türlü protokol ve merasim işlerini düzenlemek ve yürütmek, Bakanın ziyaret, davet, karşılama ve uğurlama, ağırlama, ulusal ve dini bayramlarla ilgili hizmetlerini düzenlemek, yürütmek ve öbür kuruluşlarla koordine etmek, Bakanın çalışma programını düzenlemek biçiminde belirtilmiştir.
Bakanlıklarda Müsteşarlık sisteminin kalkması sonrası ve Bakan Yardımcılığı sisteminin de beklenen etkiyi gösterememesi sonucunda, Özel Kalem Müdürlerinin Bakanlıklara bağlı tüm ünite ve kuruluşlarının en üst amirlerine buyruk ve direktif vermesi, iş ve süreçlerde bulunması üstte açıklanan vazife ve yetkilere terslik teşkil etmektedir.
Bu uygulamanın, siyasi olarak atanan Bakan Yardımcılarının ilgili Bakanlıkların misyonlarına hakim olamayışından, Özel Kalem Müdürlerinin dışarıdan atanması ve kamusal deneyimlerinin düşük olmasından ve Müsteşar ve Müsteşar Yardımcılıklarının kaldırılmasından kaynaklandığı açık formda görülmektedir.
Kanımızca bu sistemsel aksaklıklar tesirlerini göstermeye başlamıştır. Daha evvelki sistemde, Genel Müdür özlük haklarına eşit Müsteşar Yardımcısı ve Bakan Yardımcısından daha az seviyede aylık hakkına sahip Müsteşar takımlarının tekrar ihdas edilmesinin ve Bakan Yardımcısı takımlarının iptal edilip yeni bir çerçeve teşkilat Kanununun yürürlüğe girmesinin; özel kalem müdürlerinin kendi vazife tariflerini yerine getirmesi, kamu kesitinde tasarrufun sağlanması ve Devlet bürokrasisinin işleyişi açısından yararlı olacağını değerlendirmekteyiz.