Organizmanın birtakım virüs, bakteri, mikromiçet ya da bir hücreliler etkisi altında düzgüsüz olgular göstermesi durumu. Bütün mikroskobik canlıların enfeksiyon yaratma yeteneği yoktur. Çünkü enfeksiyon olabilmesi için mikroskobik canlının organizma içine girerek zararlı etkisini orada yerel yada genel olarak geliştirmesi gerekmektedir. Enfeksiyon yapan etkenler, dokulara, ya üzerlerindeki örtüyü aşarak ya da dışarıyla ilişki durumunda olan solunum, sindirim, üretim aygıtları gibi aygıtların mukozaları (sümüksü maddeleri) yoluyla saldırıda bulunurlar. Ayrıca, birtakım asalak canlılar tarafından, bir hayvanın ısırığı yoluyla ya da kendisi mikroplanmış bir yabancı cisimle de organizmaya yerleştikleri olur. Sıtma plazmodiumunun sivrisinek ısırmasıyla alınması bunlara bir örnek olarak gösterilebilir. Tam sterilize edilmemiş iğnelerle tedavi gören hastaların enfeksiyon alması görülen durumlardandır. Bunlardan başka klinik açıdan sağlam sayılan; fakat organizmasında enfeksiyon bulunan bir kimseden alınan kan ya da plazmanın verildiği kimselerde enfeksiyon meydana gelebilir. Birçok halde, mikroplar, görünüşte sağlam olan deri ve mukozayı doğrudan doğruya aşarak organizmaya girmektedir. Bunun nasıl olabildiği hakkında elde bugün bile kesin bilgiler yoktur. Enfeksiyon etkenleri ya girdikleri noktada yerel olarak kalır yada dokulara yayılır, oradan da dolaşıma karışırlar. Bu, girdikleri organizmanın savunma gücüne göre, giriş biçimlerine göre, kendilerinin çeşitli özelliklerine göre değişir. Dokulara yayılmaları, çoğu zaman, lenfa yolları aracılığıyla olur. Dolaşıma karıştıklarında da bazen dışarı atılır, bazen de bir organda yerleşirler. Mikropların kanda ısrarla yerleşerek meydana getirdiği enfeksiyon septisemi ya da kan zehirlenmesi adını alır. Aynı anda kanda birçok yerleşme noktası bulunuyorsa buna da septikopiemi denir.
Virüs, mikrop ya da bir hücreliler, dokularda yerleştikten sonra toksik (zehirleyici) etkilerini göstermeye başlarlar.
Enfeksiyonların çoğu tek bir çeşit enfeksiyon etkeninden ileri gelir; fakat karma enfeksiyonlar, yani birden fazla mikrop ya da virüsün yaptığı hastalıklar da vardır. Bazı hastalıkların özelliği karma bakterilerden ileri, gelmesidir. Bir çeşit anjin, bir çeşit gangren bu tür hastalıklardandır.
Enfeksiyon, kendini meydana getiren virüs, mikrop vb. etkenin çeşidine, patogen olgu yapma yeteneğine ve başlangıçta organizma ya girdiği miktara, giriş biçimine, organizmanın savunma gücüne, bir bağışıklık tepkisi yaratma yeteneğine göre değişir. Bu yüzden de gidişi birbirininkine benzemeyen pek çok mikroplu hastalık vardır. Çok kısa bir süre içinde hastanın ölümüyle sonuçlanan hastalıklar, genellikle salgınlarda görülen türlerdir. Süresinin çeşitli olmasına rağmen, belirli ve şiddetli klinik olgularla özel bir gelişme gösteren hastalıklara akut (çabuk gelişen) hastalıklar denir. Bazı akut enfeksiyonların yalnız iki çeşit sonucu olur: Çabuk iyileşme yada çabuk ölüm. Veba ve kızıl bu tür hastalıklardandır. Buna karşı birçok akut enfeksiyonda uzunca bir kronik (ağır gelişen) dönemden geçerek klinik belirtilerin zayıflaması ve hastanın iyileşmesiyle son bulur. Başka bir çeşit enfeksiyon da akut bir dönem göstermeden baştan sona kadar kronik olarak sürer Gizli enfeksiyon durumları görüldüğü de olur. Bu gibi durumlarda bir kimsede enfeksiyon etkeninin bulunduğu anlaşılır; ancak klinik enfeksiyon belirtilerinin hiç biri yoktur. Böyle görünüşte sıhhatli kimselerin doğal yollarla mikroplardan sıyrılmaları durumunda kendilerine portör denir.
